長岡教会は長岡基督教会(組合派教会)として1888年10月に設立されました。戦時下の1941年、宗教団体法によってプロテスタント諸教会が合同し、日本キリスト教団が発足すると、その一教会となりました。1920年には近隣火災により、1945年には長岡空襲により会堂を焼失しましたが、1958年、現在地に移転し今日に至っています。​